Le président assure la direction de l’université et a autorité sur l’ensemble des personnels. En tant qu’autorité exécutive, il prépare et met en œuvre le contrat pluriannuel d’établissement passé avec le ministère et conclut les accords et conventions au nom de l’université. Il est ordonnateur des recettes et des dépenses du budget de l’université. Il est responsable du maintien de l’ordre. Il est élu pour un mandat de quatre années à la majorité des membres élus du conseil d’administration.
Né en 1964 à Cannes (Alpes Maritimes), Patrick Capolsini suit un cursus scientifique à l’université de Nice Sophia-Antipolis, parcours qui le conduit à l’obtention d’un Master (DEA à l’époque) de Mathématiques et Informatique. Il effectue sa thèse dans le domaine du calcul symbolique à l’interface des mathématiques et de l’informatique dans un laboratoire de l’Institut National de Recherche en Informatique et Automatique (INRIA) avant de poursuivre sa formation par un séjour postdoctoral à l’Institut fédéral de technologie de Zurich.
En 1994, Patrick Capolsini est recruté comme maître de conférences au sein de l’Université de la Polynésie française. Ses activités de recherche se concentrent dans un premier temps sur la télédétection en milieu récifal et insulaire avant qu’il n’opère, à partir de 2005, une reconversion thématique vers la sécurité des données, en particulier des données à caractère géographique, notamment en assurant l’encadrement d’étudiants doctorants. Très attaché à la « double compétence » des enseignants-chercheurs, il assure des enseignements autour de l’algorithmique et de la programmation, attachant un soin particulier à l’élaboration de supports numériques en ligne.
Dès sa prise de fonction en 1994, Patrick Capolsini s’investit très fortement dans le fonctionnement de l’Université. Il est en effet chargé par le Président de mettre en place un centre de ressources informatiques totalement inexistant à l’époque. De 2004 à 2008, il assure la direction du département/UFR de « Sciences, Sciences Médicales et Technologies » où il acquière une très précieuse expérience de tout ce qui touche à la gestion de la pédagogie.
En 2011 il devient vice-président du Conseil d’Administration. A ce poste il est particulièrement en charge des affaires financières et des ressources humaines. Il suit également des dossiers complexes comme la création de l’institut Confucius de la Polynésie, la transformation de l’IUFM en Ecole Supérieure du Professorat et de l’Education (ESPE) ainsi que différents projets immobiliers. Le plus gros dossier dont il aura la charge sera de préparer l’UPF au passage aux responsabilités et Compétences Elargies (RCE) le 1er janvier 2013. Dans la continuité de son mandat de vice-président, il accède, le 13 avril 2017, aux fonctions de Président de l’université de la Polynésie française.
Le vendredi 5 mai 2017, quatre instances se sont tenues successivement à l’UPF : une Commission de la formation et de la vie universitaire (CFVU), une Commission de la recherche (CR), un Conseil académique (CAc) et un Conseil d'administration (CA). Lors de ces instances, quatre nouveaux vice-présidents ont été élus et constituent la nouvelle équipe du Président de l’UPF Patrick CAPOLSINI.

Sous l’autorité du président de l’université, la directrice générale des services Odile Boyer est chargée de la gestion de l’établissement.
Nommée par le ministre de l’éducation, de l’enseignement supérieur et de la recherche sur proposition du président de l’université, elle se situe à l’interface entre l’équipe de direction, les services centraux, les services communs et ceux des départements et laboratoires.
L’UPF est une université pluridisciplinaire qui regroupe trois départements de formation dirigés par un directeur de département (DEG, LLSH, STS).
Élu pour un mandat de deux années parmi les enseignants-chercheurs, chaque directeur dirige le département dont il est issu, assure la cohérence, le suivi et le développement de la politique de formation du département. Il veille également à la bonne organisation des enseignements dans tous les cycles, au respect des règlements des études et des modalités de contrôle des connaissances, et des conditions de validation des acquis (VAP, VES).
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L’UPF propose une offre de formation diversifiée pluridisciplinaire au sein de trois départements :